kernel: g_vfs_done():da0s1a[READ(offset=39991083008, length=32768)]error = 5
kernel: g_vfs_done():da0s1a[READ(offset=40646672384, length=32768)]error = 5
kernel: g_vfs_done():da0s1a[READ(offset=41957851136, length=32768)]error = 5

さっぱりわかりません。
時間が掛かりそうです。

差し当たり
#fsck -y /dev/da0s1a

vmdkを複製してpkgを弄っていて、VMwarePlayerのCPUコア数の設定が間違っていたので修正しました。

相変わらずエラーが発生しているようなので、 W3 Total Cache のページキャッシュとデータベースキャッシュを無効化。

VMware player側のキャッシュを調べたところ、無効化することができるようです。
vmxファイルで
hard-disk.useUnbuffered = “TRUE”
無効化しなければ有効になっている？因みにホストOSのSSDはキャッシュが有効です。
この項目はまだ書き込みせず。恐らくホストに依存した動作だと思われます。

この段階でサイトヘルスでキャッシュに関するメッセージは無く、「すばらしい」が表示されます。
W3 Total CacheではOpcode Cacheとオブジェクトキャッシュとブラウザーキャッシュの3項目が有効になっています。プレビューモードとページキャッシュと圧縮とデータベースキャッシュは無効。その他はデフォルト。いずれにしても、よくわからない。というのが正直なところ。
Opcode Cache??。PHPの処理を高速にする。PHPアクセラレータ機能を提供するのがOPcacheとの事。

ここ数日0時のcore dumpedはなさそうです。
なぜこんな時間？父のトイレに起こされた時間です。最近協力的で、ある程度紙パンツにため込んで切れるようです。3回に1回とか4回に1回とか、起こされる頻度が少なくなりました。

10/9 5:40またエラー確認。
オブジェクトキャッシュとブラウザーキャッシュを無効化。この時点でサイトヘルスでは永続オブジェクトキャッシュを使用してください。と表示あり。既にW3 Total Cacheを使う必要がなくなりつつあるようです。仮想環境には使えないのか、設定がまずいのか。

10/10昼今朝の修正でエラーが発生せず。よって、ブラウザーキャッシュを有効化し様子見。朝方確認したエラー。タイムスタンプを見誤ったか？15:50までエラーなし。
10/10 15:50 オブジェクトキャッシュとブラウザーキャップを有効化。この設定でサイトヘルスは「すばらしい」の表示。
10/11 05:11 エラーの発生は10/10の05:40以降無し。やっと安定期が来たか？