Let’s Encryptの自動更新が出来ぬまましばらく経ちますが、ふと閃きました。
というのも、今回の更新も.htaccessをmvしてからcertbot renewを実行しましたので、いい加減解決しようと考えたからです。
調べてみると、.htaccessに関係する記述をするだけで解決するようなので.htaccessを修正しました。

RewriteCond %{REQUEST_URI} !(^/.well-known/)

.htaccessでhttpをhttpsに置き換えしているのでこれが原因かもしれません。
このほかに置き換えしているものは、このサーバーの前の古いサーバーだった頃にディレクトリをwordpressを含めていたので、他のページからリンクを辿って来た方を現在のパスへの置き換えしています。